La presente investigación tuvo como objetivo analizar en que medida el sistemaagroforestal incide en los servicios ambientales en el cultivo del café. La investigación se basó en la guía para la determinación de carbono en pequeñas propiedades rurales, metofología del Centro Mundial Agroforestal. La investigación se desarrolló en las zonas de Bolognesi y Divisoria ubicadas en Aucayacu región de Huánuco, se recabaron 10 muestras de suelo y 10 muestras entre hojas y frutos de cada zona para la obtención de carbono. Estos fueron llevados al laboratorio de la Universidad Nacional Agraria de la Selva y al laboratorio Servicios Analíticos Generales S. A. C., donde se estimó la fijación de carbono en el suelo, hojas y frutos, así mismo se pudo determinar el valor económico de cada muestra tomada. La mayor captura de carbono para la zona de Bolognesi obtenida fue de 33.4g y para la zona de Divisoria se tuvo 34.6g dando como resultado un valor económico máximo de 9 y 8.8 soles respectivamente. Se concluyó que el sistema agroforestal no incide significativamente en los servicios ambientales con referencia a la capacidad de captura de carbono en el cultivo de café, debido a que se encuentran involuicrados otros factores como porcentaje de sombra, nutrientes, abono, etc.