La Bahía del Callao es estratégicamente importante desde el punto de vista industrial, turístico y recreacional, sin embargo, existen problemas de contaminación de sus aguas costeras, provenientes principalmente de colectores domésticos, industriales agrícolas, sedimentos de minerales resultantes de la carga y descarga de concentrados de minerales. A demás, de los vertimientos de los ríos Chillón y Rímac que traen residuos de pesticidas, minerales y otros productos de las actividades que se realizan a lo largo de todo su recorrido, los cuales ocasionan un fuerte impacto en el ambiente receptor (el mar).