El Servicio Nacional de Sanidad Agraria (SENASA), como autoridad en sanidad agraria, no ha implementado un Sistema de Gestión de la Calidad (SGC) en sus procesos de certificación fitosanitaria de importación y exportación de productos y sobre productos agrícolas, a pesar que la Ley 27658 exige a las instituciones del estado la creación de un SGC. Con el objetivo de diseñar un SGC basado en la norma ISO 9001:2015 en el proceso de certificación fitosanitaria de SENASA - puesto de control Marítimo de Callao, se realizó el diagnóstico y análisis del proceso respectivo iniciando con la medición del nivel de satisfacción de usuarios externos e internos mediantes encuestas, la misma que previa la validación fueron procesados mediantes SPSS, al 98% de confiabilidad. La muestra fue los 118 usuarios externos de una población de 900/mes y 21 usuarios internos. Los resultados determinaron que los usuarios externos no se encuentran satisfechos con los servicios que brindan SENASA; mientras que, los usuarios internos manifestaron disconformidad con la organización. La metodología de la norma ISO 9001:2015 se inició con un análisis del contexto a través de una matriz FODA. Seguidamente, se analizó las cualidades personales, requisitos de la norma, restructuración de procesos e involucramiento de los directivos de SENASA, cuyos roles tuvieron como prioridad el enfoque al usuario. Luego se trabajó sobre la planificación en función de la matriz FODA generando estrategias, y la definieron elemento de apoyo (recursos competencias, toma de conciencia, comunicación, y documentación de la información). Finalmente, se planteó como llevar a cabo las operaciones dentro del proceso y evaluación para una vez implementados disponer las correcciones para mejora continua empleando fases del ciclo Deming (planificar - hacer -verificar - actuar). Todo este desarrollo sirvió como base para la estructuración el diseño del SGC. Asimismo, se propuso un diseño de mapa de procesos con periodo óptimos de los procedimientos de la certificación fitosanitaria y la auditoria interna del SGC. Se concluye que SENASA debería implementar el SGC diseñado para mejorar el proceso de certificación fitosanitaria en satisfacción de los usuarios.